1995年，南开大学与我院合作，在深圳招收培养经济学、管理学在职博士生，填补了当时珠三角地区没有经济学博士生教学点的空白，开始了如何高质量地对在职博士生进行培养的探讨。12年来，共计招收博士生200余人，其中104人已完成学业并获得博士学位。南开大学—综合开发研究院博士点已成为中国南方重要的经济学博士培养基地。
在大学校园外成批地培养博士研究生，在我国开了这一教育形式之先河，引起广泛的关注和重视。双方进行了积极稳妥、大胆务实、改革创新的教学探索，已形成一种较好的教学模式：
一、全国最早实行博士生教学五统一的体制。南开大学在全国首次形成了统一导师组、跨学科统一招生、统一命题、统一基础课、统一培养标准的五统一博士生培养体系。这一创新对于完善我国博士生教育培养体制有积极的借鉴意义。
二、建立符合经济建设需要的教学体系。长期以来，我国经济学教学同时存在着的两种偏向：一是片面强调理论研究和教学为现实经济服务，不注重研究经济运行的客观规律和经济决策的理论依据，简单的注释政府的经济政策；二是片面强调经济学发展的学院化气质，不熟悉经济学发展赖以生的地壤、不断发展的经济活动与不断变革的经济制度。
为了有效解决这些问题，除了外语、政治理论、导师专业课外，导师组为深圳的博士研究生设计了七门共同基础课程，即宏观经济学、微观经济学、经济计量学、货币银行学、国际经济学、发展经济学、经济学前沿问题讲座。导师组要求，基础课程教学要强化基础理论教学，特别要提高运用经济学理论解释重大现实问题的能力和前瞻分析预测能力。
三、确定符合时代要求的博士生培养目标。为祖国的改革开放现代化事业，培养一大批具有全球战略眼光的高级经济管理人才，是中国高等院校义不容辞的历史任务。深圳是全国各高校毕业生汇集之地，一大批经济理论基础好，实践经验丰富的硕士毕业生，已经成为或正在成为所在单位、部门的高级管理人才，为他们提供深造的机会，以现代经济学理论对他们进行规范化的培养和训练，使他们具有成长为优秀国务活动家和著名企业家的知识储备，是南开大学导师组为深圳博士生所确定的重要培养目标。
四、探索有利于实现培养目标的手段。在招生阶段实行笔试和面试七三开的加权分制，面试的深度和广度远远超过笔试，有些笔试高分的考生往往因为缺乏对重大经济问题的观察和思考，没有准确的把握经济学分析方法而不能被录取；在培养阶段强调将条件假设、理论推理运用于课堂讨论、课程论文、开题报告这样三个环节，明显提高了博士研究生对重大问题进行严密、精细分析的能力。
五、坚持严格的教学管理。一所大学要成为世界著名大学需要进行多方面的努力，严格教学管理和质量评估是最基本的环节。在这方面我们严格把关，制定并严格执行了关于学生出勤管理制度、班主任制度等，在教学、论文写作等环节进行规范的管理。